Pengelasan protis masih belum tetap. Pengelasan-pengelasan yang lebih baru mencuba mencipta kumpulan monofili berdasarkan ultrastruktur, biokimia, dan genetik. Disebabkan protis pada keseluruhannya adalah parafili, sistem-sistem ini membahagikan atau membatalkan alam dan sebagai gantinya, mengolahkan kumpulan-kumpulan protis sebagai baka eukariot yang berasingan. Skema yang baru-baru ini oleh Adl et al. (2005) ialah satu contoh yang tidak menghiraukan aras (filum, kelas, dll.)

Sesetengah kumpulan utama protis yang kini diiktirafkan dan diolahkan sebagai filum disenaraikan dalam kotak taksonomi di sebelah kanan. Beberapa kumpulan yang lebih kecil disenaraikan di bawah kategori-kategori tradisional yang mempunyai hubungan dengan kumpulan-kumpulan di atas. Untuk perbincangan lanjut mengenai perhubungan antara berbagai-bagai protis, sila lihat rencana Eukariot atau makalah-makalah yang dirujukkan di bawah.